با استفاده از یک نشانگر ریز ماهواره (ISSR) پنج جمعیت بومی کرم ابریشم ایران مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. برای هر جمعیت 30 نمونه از روز سوم سن پنجم لاروی از مؤسسه تحقیقات ابریشم (رشت-پسیخان) جمع آوری شد. با استفاده از روش بهینه شده سوزوکی و همکاران (1972) (فنل-کلروفرم) از غده ابریشم ساز آنها DNA استخراج شد. از سه آغازگر آنکورد استفاده شد که پس از تکثیر در واکنش زنجیره ای پلی مراز 211 باند تولید شد و از این تعداد، 208 باند (58/98%) چند شکل بودند. با استفاده از نرم افزار Popgene و روش UPGMA دندروگرام این جمعیتها رسم شد و جمعیتهای بومی در دو گروه مشخص قرار گرفتند. جمعیت صورتی و گیلانی بیشترین فاصله ژنتیکی نااریب و گیلانی و بغدادی کمترین فاصله را داشتند. گیلانی و بغدادی در یک گروه مجزا قرار گرفتند. متوسط تنوع ژنتیکی جمعیتها 3575/0 بود. بیشترین چند شکلی در جمعیت خراسانی و کمترین در جمعیتهای لیمویی و بغدادی قرار داشت. نتایج به دست آمده دلالت بر قابلیت بالای این نشانگر در مطالعات تنوع ژنتیکی و نقشه یابی ژنتیکی کرم ابریشم دارند.