با توجه به مزایای فراوان نشانگرهای مولکولی، ژنوتیپ‌سنجی بر مبنای این نشانگرها امروزه کاملاً متداول و برای تشخیص چند شکلی ابزارهای متنوعی در اختیار می‌باشد. هدف از این تحقیق، مقایسه روش‌های RAPD و DAF در تخمین فاصله ژنتیکی ارقام سویا بود که در آن آغازگرهای متعددی از هر یک از نشانگرها استفاده گردید. نوارهای رنگ‌آمیزی شده بر روی ژل‌ها از نظر حضور و عدم حضور مطالعه و روابط ارقام با روش ضرایب تطابق ساده مورد بررسی واقع شد. رابطه ارقام در روش DAF (704 / الی 899/0) نسبت به RAPD (561/0 الی 854/0) بالاتر برآورد گردید و مکان‌های ژنی بسیار زیادتری در DAF آشکار گشت. داده‌های حاصل از روش DAF و داده‌های توام حاصل از دو روش به نحو مطلوب‌تری ارقام را دسته‌بندی کردند، به طوری که ارقام ایرانی بالاترین شباهت را با هم نشان دادند. روش DAF تفاوت چندانی از نظر هزینه با RAPD ندارد و ضمن داشتن مزایایی مانند سهولت آن فارغ از معایب ذاتی RAPD است. دقت، وضوح بسیار بالا و محتوای اطلاعاتی کافی در این آزمایش استفاده از این روش را توصیه و کاملاً توجیه می‌نماید. نتیجه مشترکی که از دو روش به دست آمد آن است که تشابه ارقام بالا بوده و از تنوع ژنتیکی قابل ملاحظه‌ای برخوردار نیستند.
)